يعتبر قطاع الرقابة أحد أهم القطاعات التي تتكون منها هيئة أبوظبي للزراعة والسلامة الغذائية، فهو القطاع المخول بتطبيق القوانين والنظم المتعلقة بسلامة الغذاء في إمارة أبوظبي وذلك بالتعاون مع الجهات الأخرى ذات العلاقة .
ويعمل القطاع باستمرار على تطوير آليات وإجراءات رقابية شفافة وواضحة تواكب تطلعات حكومة أبوظبي في تأمين وضمان سلامة إمدادات الغذاء بالإضافة إلى تطبيق المواصفات والمعايير المعتمدة بالدولة على الغذاء سواءً المصنع محليا أو مستورد عبر أحد منافذ إمارة أبوظبي الجوية والبحرية والبرية. ويعتمد في تطبيقه لتلك الإجراءات الرقابية على الأنظمة المبنية على درجة الخطورة، كما يحرص أيضا وبموجب النظام رقم (6) لسنة 2010 بشأن صحة الغذاء خلال السلسلة الغذائية على أن تقوم المنشآت الغذائية كالمصانع والفنادق وشركات التموين بتطبيق نظام تحليل المخاطر ونقاط الضبط الحرجة (HACCP) للتأكد من أن المواد الغذائية المتداولة في أمارة أبوظبي لا تشكل أي خطورة على صحة وسلامة المستهلكين.
كما يقوم القطاع أيضاُ بمتابعة برنامج تدريب المتعاملين بالأغذية على أساسيات سلامة الغذاء (EFST) وذلك بهدف الارتقاء بالمنشآت الغذائية و ضمان سلامة الأغذية في جميع مراحل السلسلة الغذائية، مع تقديم الاستشارات وبرامج التوعية المتعلقة بسلامة الغذاء.
كذلك يحرص القطاع بشكل مستمر على تقديم أفضل الخدمات لشركائه الاستراتيجيين من أصحاب المنشآت الغذائية والجمهور، من خلال تحديث الخدمات التي كانت تقدم يدويا وطرحها حاليا عن طريق الخدمات الالكترونية ومنها على سبيل المثال (شهادات التصدير للمنشآت الغذائية، شهادات صلاحية المواد الغذائية للتصدير، الحملات الغذائية الترويجية، الشكاوي على المنشآت الغذائية أو الخدمات المقدمة من قبل المفتشين او الموظفين في إدارات القطاع المختلفة).
وللقطاع مساهمة ايجابية في الوقاية من حالات التسمم الغذائي، نظرا لقيام المفتشين أثناء زياراتهم الروتينية أو التوعوية بتوجيه وإرشاد العاملين في المنشآت الغذائية بالطرق الصحية فيما يخص التعامل مع تجهيز وتقديم وعرض ونقل الغذاء وكذلك التنسيق مع الجهات المعنية بهذا الشأن، كما يقوم المفتشين بالإشراف على إتلاف المواد الغذائية الغير صالحة، واسترداد المنتجات التي تصدر بها قرارات أو تعاميم لعدم مطابقتها للأنظمة والمعايير.
يقوم قطاع الرقابة بتنفيذ نظام الإنذار السريع للسلامة الغذائية وذلك بالتنسيق مع قطاع السياسات والأنظمة حيث يهدف هذا النظام إلى تسهيل وتسريع تبادل المعلومات بين الدول فيما يتعلق بالإخطارات المرتبطة بالغذاء من أجل اتخاذ الإجراءات الوقائية اللازمة لضمان عدم دخول وتداول أي مادة غذائية قد تشكل خطراً على صحة المستهلك.
كذلك يتم التفتيش على منشآت إنتاج الغذاء الأولية، ومزارع الإنتاج الحيواني بكافة أنواعها (أبقار، جمال، أغنام، دواجن، أسماك) وكذلك مزارع صغار المزارعين، كما يقوم بالرقابة على منشآت اللحوم (الملاحم، مسالخ اللحوم الحمراء ومجازر الدواجن)، وكذلك المنشآت البيطرية (مستشفيات، عيادات، مختبرات، صيدليات، مستودعات ومكاتب الاستشارات البيطرية) ومنشآت الأعلاف (مصانع الأعلاف ومحلات الأعلاف).
كما يقوم القطاع بضمان تطبيق التشريعات الزراعية الاتحادية والمحلية في المزارع والمنشآت الزراعية التجارية من خلال إجراء تفتيش روتيني حسب خطة سنوية معتمدة وتوحيد إجراءات التفتيش بما يضمن التطبيق السليم والمستدام لتلك التشريعات بطريقة نزيهة وحيادية لتحقيق تطلعات الهيئة حول رفع جودة المدخلات الزراعية وسلامة المنتجات الزراعية وضمان بيئة زراعية مستدامة في الإمارة.